Już w odległych latach 1911 - 1912 Minister Generalny, br. Pacyfik z Seggiano, miał zamiar utworzyć w klasztorze we Frascati dom dla braci poświęcających się nauce i badaniom, wyposażony w drukarnię i konieczne pomoce naukowe. Zamiar ten jednak się nie powiódł.

Dopiero Minister Generalny Melchior z Benisa, 23 lipca 1926 r., ogłosił oficjalnie Zakonowi nabycie kamienicy Sperelli w Asyżu, przy via S. Francesco 23. Budynek ten stał się siedzibą dla grupy naukowców zajmujących się studiami dotyczącymi Zakonu, mających możliwość korzystania z biblioteki, Muzeum Franciszkańskiego i wydawania przeglądu naukowego. Cztery lata później, 14. XI. 1930 r., ten sam Minister Generalny podpisał dekret erekcyjny "Kolegium św. Wawrzyńca z Brindisi w Asyżu", był to oficjalny początek Instytutu Historycznego.

Aby mieć łatwiejszy dostęp do archiwów i bibliotek w Rzymie kolegium w Asyżu zwróciło się z prośbą o możliwość przeniesienia do Rzymu. Zgodę taką otrzymało; zostało przeniesione do Rzymu, na Via Sicilia 159. Między 4 a 10 XI. 1940 r. było tymczasowo ulokowane w pomieszczeniach hospicjum generalnego, w skrzydle budynku przylegającym do Via Romagna. Przejściowo też pozostawało bez biblioteki i bez Muzeum Franciszkańskiego. Aby uniknąć mylenia z nazwą Międzynarodowego Kolegium św. Wawrzyńca, Kolegium z Asyżu zmieniło swoją nazwę na Instytut Historyczny Kapucynów.

Wraz z przeniesieniem Kurii Generalnej z Via Boncompagni do aktualnej siedziby przy Via Piemonte 70, Instytut Historyczny, latem 1953 r., został ulokowany w pomieszczeniach należących niegdyś do Kurii, tj. na trzecim piętrze budynku przy Via Boncompagni. W ciągu miesięcy lipca i sierpnia 1968 r. Instytut przeniósł się do aktualnej siedziby przy G.R.A. (Grande Raccondo Anulare), km 65, 050.

Instytut Historyczny jest wspólnotą międzynarodową bezpośrednio zależną od Ministra Generalnego, dlatego jego specyficzną naturę określają nasze Konstytucje oraz własny Statut. Zgodnie z powyższym Statutem realizuje następujące cele:

1. badania naukowe i publikacje z dziedziny franciszkanizmu, szczególnie dotyczące kapucynów;
2. popieranie, w miarę własnych możliwości, inicjatyw kulturalnych dotyczących życia naszego Zakonu.