Franciszkański Instytut Duchowości, który jest częścią Papieskiego Ateneum Antonianum, zapewnia formację akademicko-naukową, oraz ukierunkowanie praktyczne tym, którzy przygotowują się albo są przeznaczeni do prowadzenia wykładów z duchowości, do bycia wychowawcami i animatorami wspólnot. Jest on pomyślany jako instytut duchowości ogólnej («teologia duchowości»), w obrębie którego jest jednak szczególne miejsce na duchowość franciszkańską i działy jej pokrewne. Instytut powstał w ramach Wydziału Teologicznego i pozwala na uzyskanie stopni naukowych Licencjatu i Doktoratu w dziedzinie Teologii, ze specjalizacją w Duchowości.

Instytut przewiduje dwuletni cykl, tzn. cztery semestry, w całości 56 godzin rozłożonych na 12 godzin formacji teologicznej, 38 godzin specjalizacji – w tym 22 godzin kursów obowiązkowych i 16 godzin kursów opcjonalnych -, 4 godziny seminarium i 2 godziny metodologii.

Instytut przyjmuje kapłanów, zakonników, zakonnice i osoby świeckie spełniające warunki wymagane przy zapisie na drugi cykl Wydziału Teologicznego.