Il nucleo principale del Museo Francescano si è costituito grazie a P. Louis-Antoine de Porrentruy (Francia) che raccolse materiale iconografico per l’illustrazione del volume su S. Francesco, che uscirà presso l’editore Plon di Parigi alla fine del 1884, col titolo Saint François d’Assise. Col materiale raccolto per il volume, solo in parte utilizzato, e continuamente aumentato, Louis-Antoine organizzò nel 1885, nel convento di Marsiglia (Francia), un Museo Francescano. Fu inaugurato nell’ ottobre del 1889 dal ministro generale Bernardo d’Andermatt.

Nell’anno seguente si rese indispensabile ampliare il museo con un’altra sala piú grande, tanto era il materiale che vi affluiva. Nel 1896 venne quindi aperta una terza grande sala.

Per la difesa e protezione del Museo il fondatore aveva intanto ottenuto nel 1895 dalla Santa Sede il Breve Apostolico Minime nos latet, firmato dallo stesso Leone XIII. In esso si vietava sotto pena di scomunica di “togliere, alienare, commutare, vendere o anche semplicemente portare altrove alcunché dal predetto Museo Francescano di Marsiglia”.

Però, negli anni 1903-1904 si rese necessario lo sgombro clandestino dei pezzi piú importanti per la storia artistica francescana. Infatti, nel 1905, in ossequio alla legge massonica del luglio 1901, furono venduti all’asta pubblica tutti gli oggetti presenti nel Museo Francescano. Verso la fine del 1912 il museo riapre a Roma, con i pezzi salvati da P. Louis-Antoine, presso la Curia generale di via Boncompagni, per essere poi trasferito nel 1927 nell’Istituto Storico ad Assisi, e aperto solennemente il 29 novembre 1929. D’ora in poi il museo seguirà la sorte dell’Istituto Storico.