Già nel lontano 1911 - 1912 il ministro generale Pacifico da Seggiano aveva intenzione di creare nel convento generalizio di Frascati una casa per gli studiosi, munita di una tipografia e dei necessari sussidi scientifici. Ma il tentativo fallì.

Fu il ministro generale Melchiorre da Benisa che il 23 luglio 1926 annunciò ufficialmente all’Ordine l’acquisto in Assisi del palazzo Sperelli, in via S. Francesco 23. Questo edificio è stato sede di un gruppo di studiosi impegnati in studi riguardanti l’Ordine, con a disposizione una biblioteca, il Museo Francescano e la pubblicazione di una rivista scientifica. Quattro anni piú tardi, il 14 novembre 1930, lo stesso ministro generale firmò il decreto di erezione del “Collegio di S. Lorenzo da Brindisi in Assisi”, questo era il nominativo originale dell’Istituto Storico.
Per poter piú comodamente utilizzare gli archivi e le biblioteche di Roma, il “Collegio di Assisi” chiese e ottenne il permesso di trasferirsi a Roma in Via Sicilia 159. Tra il 4 e il 10 novembre 1940 è precariamente sistemato nei locali dell’Hospitium generale, nell’ala di Via Romagna. Temporaneamente rimase anche senza biblioteca e senza Museo Francescano. Per evitare confusione col nome del Collegio Internazionale di S. Lorenzo, il “Collegio di Assisi” cambia il suo appellativo in Istituto Storico dei Cappuccini.
Col trasferimento della Curia generale da Via Boncompagni alla attuale sede di Via Piemonte 70, l’Istituto Storico è stato sistemato, nell’estate del 1953, in alcuni locali della ex Curia, cioè al terzo piano di Via Boncompagni. Durante i mesi luglio-agosto del 1968 si trasferì nell’attuale sede del G. R. A. km 65.050.

L’Istituto Storico è una fraternità internazionale sotto l’immediata dipendenza del Ministro generale e, in quanto tale, è regolato dalle Costituzioni e da un proprio Statuto. Secondo il suo Statuto (1995), ha le seguenti duplici finalità:

1. la ricerca scientifica e la cura di pubblicazioni in campo francescano, principalmente cappuccino;
2. la promozione, secondo le sue possibilità, di iniziative culturali che interessano la vita dell’Ordine cappuccino.