L'Istituto Francescano di Spiritualità, che forma parte del Pontificio Ateneo Antonianum, intende offrire una formazione accademico-scientifica ed orientamenti pratici a coloro che si preparano o sono destinati ad essere docenti di spiritualità, educatori e animatori. Esso è configurato come un istituto di spiritualità generale («teologia spirituale») nel cui contesto tuttavia riserva un posto di rilievo alla spiritualità francescana e ai campi affini. Eretto nell'ambito della Facoltà Teologica, l'Istituto conduce ai gradi accademici di Licenza e di Dottorato in S. Teologia con specializzazione in spiritualità.

È richiesto un biennio di frequenza, ossia quattro semestri, per un totale di cinquantasei ore, distribuite in dodici ore di formazione teologica, trentotto ore di specializzazione - a loro volta ripartite in ventidue ore di frequenza a corsi obbligatori e sedici ore di frequenza a corsi opzionali -, quattro ore di seminario e due ore di metodologia

L'Istituto è aperto a sacerdoti, religiosi, religiose e laici in possesso dei requisiti per l'iscrizione al secondo ciclo della Facoltà Teologica.