Le Musée Franciscain n'est pas un musée artistique, historique ou archéologique, même s'il possède un certain nombre de pièces de grande qualité artistique et de grande valeur historique. Il se place dans la catégorie des musées spécialisés. Avec les objets exposés dans ses différentes salles, le musée illustre l'histoire de l'Ordre Franciscain.

Bien que l'idée ait surgie sur l'initiative d'un frère Capucin, le fondateur ne s'est pas limité à rassembler des objets propres à son Ordre, mais il étend son intérèt à tout l'Ordre Franciscain, à tous ceux qui se sont fait remarquer par leur forme de sainteté, de culture ou de sens social. Em premier lieu aux trois principales ramifications du Premier, du Second, et du Troisième Ordre, ensuite à travers les différentes familles et réformes internes de l'Ordre, comme les conventuels, les frères mineurs, les capucins, observants, récollets, réformés et autres. Autant que cela fut possible, a été inclus le franciscanisme de toutes les nations, également celles des franciscains qui sont partis comme missionnaires. Une caractéristique spéciale du musée consiste dans le fait, que les documents de l'art et de la culture franciscaine, s'étendent à travers les siècles, du XI me au XX me.

Le Musée Franciscain, avec le décret ministériel du 15 de septembre 1965 fut inscrit parmi les musées privés; hors controle de l'État, (musée mineur, diocésain ou religieux, n° 246), il n'est ouvert au public que sur demande.