La Secretaría del Asistente general para las Clarisas Capuchinas y los Institutos afiliados se estableció oficialmente en el 1970, cuando el Definitorio general nombró a el Hno. Lázaro Iriarte como primer Asistente general. A él le sucedió el Hno. Leonhard Lehmann en el 1990, el Hno. John Bednarik en el 2000 y el Hno. Juan María Castro Gárate (Viceprovincia de México) en el 2007. La finalidad de esta Secretaría no es la de ejercer autoridad sobre las hermanas sino, sobre todo, la de animar y, siempre por medio del Asistente general, representar a las hermanas ante la Primera Orden. Entre los compromisos del Asistente general está la publicación del boletín ("Pax et Bonum") una vez al año, la visita de los monasterios y la organización de seminarios/conferencias para los asistentes locales o las monjas, si lo solicitan.

Los cuatros principales grupos representados son: