El Instituto Franciscano de Espiritualidad, que forma parte del Pontificio Ateneo Antonianum, trata de ofrecer una formación académico-científica y orientaciones prácticas a quienes se preparan o son destinados a ser profesores de espiritualidad, educadores y animadores. Está configurado como un instituto de espiritualidad general («teología espiritual») en cuyo contexto reserva un puesto relevante a la espiritualidad franciscana y a materias afines. Erigido en el ámbito de la Facultad de Teología, el Instituto da grados académicos de Licenciatura y Doctorado en S. Teología con especialización en espiritualidad.
Se requiere un bienio, es decir, cuatro semestres , por un total de cincuentaiséis horas, distribuidas del modo siguiente: doce horas de formación teológica, treintaiocho horas de especialización – repartidas a su vez en veintidós horas de participación en cursos obligatorios, y dieciséis horas de participación en cursos opcionales -, cuatro horas de seminario y dos de metodología.
El Instituto está abierto a sacerdotes, religiosos, religiosas y a laicos que cumplen los requisitos para inscribirse en el segundo ciclo de la Facultad de Teología.