Der Grundbestand des Franziskanischen Museums geht zurück auf P. Louis-Antoine von Porrentruy (Schweiz). Im Hinblick auf die Illustration eines Buches über den Hl. Franziskus, das beim Herausgeber Plon in Paris Ende 1884 unter dem Titel “Saint François d`Assise" erschienen ist, sammelte er ikonographisches Material über den Orden. Mit dem für diese Publikation gesammelten Material, das er nur zum Teil verwenden konnte, und mit weiter zusammengetragenen Objekten schuf Louis-Antoine vom Jahr 1885 an in Marseille ein Franziskanisches Museum. Eröffnet wurde es im Oktober 1889 vom damaligen Generalminister Bernhard von Andermatt.

Bereits im folgenden Jahr mußte das Museum um einen zweiten, größeren Ausstellungsraum erweitert werden, so viel neue Objekte waren unterdessen hinzugekommen. Bereits 1896 wurde ein dritter großer Ausstellungsraum eröffnet.

Zum Schutz und zur Verteidigung des Museums hatte der Gründer 1895 vom Heiligen Stuhl das Apostolische Breve “Minime nos latet" erhalten; Papst Leo XIII hatte es persönlich unterzeichnet. Das Breve verbot unter Androhung der Exkommunikation, “irgendwelche Objekte des genannten Franziskanischen Museums in Marseille wegzunehmen, zu veräußern, auszutauschen, zu verkaufen oder auch nur an einen anderen Ort zu bringen".

Gleichwohl mußten in den Jahren 1903-1904 die für die Geschichte der franziskanischen Kunst wertvollsten Objekte der Sammlung heimlich weggeschafft werden. In Durchsetzung eines von der freimaurerischen Regierung im Juli 1901 erlassenen Gesetzes wurden im Jahr 1905 alle im Franziskanischen Museum verbliebenen Objekte zwangsversteigert. Aber das Museum wurde gegen Ende 1912 in Rom an der Generalkurie an der Via Boncompagni mit den von P. Louis-Antoine geretteten Objekten wieder eröffnet. 1927 wurde es an das Historische Institut in Assisi transferiert und dort am 29. November 1929 feierlich eröffnet. Von da an folgte das Museum
dem Weg des Historischen Instituts.

Das Franziskanische Museum versteht sich nicht als ein historisches, kunsthhistorisches oder archäologisches Museum, obwohl es über viele Objekte von hoher künstlerischer Qualität und von großem geschichtlichem Wert verfügt. Es reiht sich ein in der Kategorie der spezialisierten Museen, denn das Museum illustriert mittels seiner Exponate die Geschichte des Franziskanischen Ordens.

Die Idee zu einem solchen Museum war zwar dem Geist eines Kapuziners entsprungen, doch hat der Gründer seinen Sammeleifer nicht auf Objekte der eigenen Ordensfamilie eingegrenzt. Sein Interesse galt der ganzen franziskanischen Ordensfamilie, allen Personen im franziskanischen Umfeld, die sich durch Heiligkeit, Kultur und Sinn für das Soziale ausgezeichnet haben. Besonders berücksichtigte er die drei Zweige des Ersten, Zweiten und Dritten Ordens, dann auch die verschiedenen Familien und Reformen innerhalb des Ordens: Konventualen, Franziskaner, Kapuziner, Observanten, Rekollekten, Riformati und andere. Soweit möglich hat er den Franziskanismus in allen Nationen berücksichtigt, auch jenen der Nationen, in die die Brüder als Missionare gingen.

Ein Besonderheit des Museums besteht auch darin, dass franziskanische Kunst- und Kulturzeugnisse aufbewahrt werden, die vielen Jahrhunderten angehören, d.h. vom 13. bis ins 20. Jahrhundert.

Auf Grund eines Regierungsdekrets vom 15. September 1965 ist das Franziskanische Museum eingeordnet in die Kategorie der Nicht-Staatlichen Museen (museo minore, einer Diözese oder einem Orden zugehörig; Nr. 246); zugänglich ist es dem Publikum auf Anfrage hin.