Schon vor langer Zeit, in den Jahren 1911 - 1912, hatte der damalige Generalminister Pacifico von Seggiano die Absicht, im Konvent der Generalkurie in Frascati ein Studienhaus zu gründen, verbunden mit einer Druckerei und den notwendigen wissenschaftlichen Einrichtungen. Aber dieser erste Versuch schlug fehl.

Es war der Generalminister Melchior von Benisa, der am 23. Juli 1926 dem Orden offiziell mitteilen konnte, dass man zu diesem Zweck in Assisi den Palazzo Sperelli an der Via S. Francesco 23 erworben habe. Dieses Gebäude diente einer Gruppe von Wissenschaftler, die sich mit Ordensstudien beschäftigten, als Wohn- und Arbeitsort. Zu ihrer Verfügung stand eine Bibliothek und das Franziskanische Museum; sie übernahmen auch die Herausgabe einer wissenschaftlichen Zeitschrift. Vier Jahre später, am 14. November 1930, unterzeichnete derselbe Generalminister das Dekret, mit dem das “Kolleg S. Lorenzo da Brindisi in Assisi" errichtet wurde; so hieß anfänglich das Historische Institut.

Das “Kolleg von Assisi" erhielt später die Erlaubnis, sich nach Rom in die Via Sicilia 159 zu verlegen; das erlaubte einen leichteren Zugang zu den Archiven und Bibliotheken Roms. Zwischen dem 4. und 10. November 1940 wurden das Kolleg unter prekärsten Bedingungen in den Räumen des Hospitium generale im Gebäudeflügel an der Via Romagna eingerichtet. Für einige Zeit mußte es auf die Bibliothek und das Franziskanische Museum verzichten. Um Verwechslungen mit dem Internationalen Kolleg S. Lorenzo zu vermeiden, änderte das “Kolleg von Assisi" seinen Namen.

Nach der Verlegung der Generalkurie von der Via Boncompagni an den derzeitigen Ort an der Via Piemonte 70 wurde das Historische Institut im Sommer 1953 in einige Räumlichkeiten der früheren Generalkurie verlegt, d.h. in den dritten Stock von Via Boncompagni. In den Monaten Juli-August 1968 erfolgte schließlich die Verlegung an den derzeitigen Sitz am G.R.A. km 65.050.

Das Historische Institut ist eine internationale Brüdergemeinschaft, die direkt dem Generalminister unterstellt ist. Ihre rechtliche Stellung wird von den Satzungen und vom eigenen Statut umschrieben. Gemäß diesem Statut (1995) hat das Institut eine doppelte Zielsetzung:

1. Wissenschaftliche Forschungs- und Publikationstätigkeit im franziskanischen, besonders kapuzinischen Bereich.

2. Seinen Möglichkeiten entsprechend Förderung von kulturellen Initiativen im Bereich des Kapuzinerordens.